Eine akute Magen-Darm-Infektion, die durch Rotaviren verursacht wurde, unterscheidet sich nicht wesentlich von den meisten anderen Magen-Darm-Erkrankungen. Die Infektion kann fast unbemerkt verlaufen, nur mit leichtem Durchfall, aber auch als schwere behandlungsbedürftige Erkrankung.

Der meist plötzlich einsetzende, wässrige Durchfall wird anfangs oft von leicht erhöhter Temperatur und Erbrechen begleitet. In etwa der Hälfte der Fälle kommen Schnupfen oder Husten hinzu, selten ist das Gehirn in Mitleidenschaft gezogen (Enzephalitis). Üblicherweise dauert der Durchfall 5 Tage an, begleitet von Erbrechen über 2 Tage hinweg.

Weil bei einer Rotaviren-Infektion Erbrechen häufig mit Durchfall auftritt, ist es oft schwer, den Erkrankten rechtzeitig ausreichend mit Flüssigkeit zu versorgen. Säuglinge und Kleinkinder erkranken deshalb an Rotaviren im Durchschnitt schwerer als an anderen Durchfallerkrankungen. Ist der Flüssigkeitsverlust zu groß, droht die Austrocknung und dem Patienten muss im Krankenhaus durch Infusionen Flüssigkeit zugeführt werden.

In Industrieländern mit guter Ernährungslage und guter medizinischer Versorgung sind schwere Komplikationen oder Todesfälle eher selten. Einer Studie zufolge, werden in Deutschland 1 von 20 Kindern bis 4 Jahren wegen einer Rotaviren-Infektion stationär behandelt. Besonders gefährdet im Hinblick auf die Austrocknung sind hier Säuglinge.

Rotaviren werden über fäkal-orale Schmierinfektion, aber auch durch Tröpfcheninfektion übertragen. Bis zum Alter von 3 Jahren haben 95% aller Kinder weltweit mindestens einmal eine Rotaviren-Infektion durchgemacht.

Nach einer Rotavirenerkrankung verfügen Patienen nur über eine Teilimmunität gegen bestimmte Serotypen des Virus. Das bedeutet, dass Kinder und Erwachsene mehrfach an Rotaviren-Infektionen erkranken können. Die Folgeerkrankungen verlaufen in der Regel aber nicht mehr so schwer wie die Erstansteckung.